Bromofenol plava ima hemijske karakteristike koje joj omogućavaju da se pretvori u izopropil alkohol, acetatni bufer ili destilovanu vodu. Lakše se rastvara u alkalnim rastvaračima, a manje u neutralnim ili kiselim rastvaračima. Bromofenol plava ima pH indikatorska svojstva: u kiselom rastvoru ona je crvena, a u baznom rastvoru plava. PH opsega prelaza od crvene do plave boje je 3,0-4,6. Dodavanjem bromfenol-plave u uzorak elektroforeze obezbeđuje se vizuelizacija DNK ili proteina nakon elektroforeze. Bromfenol plava, kada se dodaje na protein, koristi se kao pomoćna supstanca koja omogućuje proteinima da se vide u gelu elektroforeze. Fotonaponska rezonantna energija u boji omogućuje smanjenje količine ultraljubičaste svetlosti potrebne za vizuelizaciju ciljanih molekula. Uz pomoć ove boje može se potvrditi uspeh odvijanja procesa elektroforeze i njegova efektivnost u razjedinjavanju proteina i DNK.
Prilikom primene bromfenol plavo potrebno je poštovati propisanu zakonsku regulativu: Zakone i prateće pravilnike, kako bi se osigurala njegova sigurna upotreba i izbegle potencijalne negativne posledice.
