Fluorescein se takođe koristi kao marker u biomedicinskim istraživajnma.i Zbog svoje fluorescentne prirode, može se koristiti za praćenje kretanja tečnosti, ćelija i molekula u raznim biološkim sistemima. Njegova upotreba se proteže i na hemijske analize, gde se koristi kao indikator za određivanje pH vrednosti ili za praćenje tokova tečnosti u različitim industrijskim procesima.
Prilikom primene Fluorescein natrijum potrebno je poštovati propisanu zakonsku regulativu: Zakone i prateće pravilnike, kako bi se osigurala njegova sigurna upotreba i izbegle potencijalne negativne posledice.